Computationeel kanker genoomonderzoek en tumor evolutie
Binnen deze onderzoekslijn maakt de onderzoeksgroep Anatomie en Embryologie gebruik van computationele benaderingen om carcinogenese bij de mens te bestuderen.
Het CCGG-lab richt zich op verschillende fasen van tumorevolutie, voornamelijk door het bestuderen van somatische mutatiepatronen in normale weefsels, primaire tumoren en tumormetastasen. Somatische mutaties zijn kleine DNA-fouten die zich tijdens het leven ophopen en uiteindelijk resulteren in de vorming van een kwaadaardige tumor. Het bestuderen van hun patronen heeft het potentieel om nieuwe kankergenen te identificeren, specifieke kwetsbaarheden voor kanker aan te geven, of fundamentele processen te onthullen die plaatsvinden tijdens de tumorevolutie, zoals tumor-immuuninteracties, de ontwikkeling van behandelingsresistentie of metastatisch gedrag.
Het laboratorium heeft ook een speciale interesse in ALK-signalering bij neuroblastoom en andere tumoren waarbij ALK-veranderingen zijn beschreven als genomische drijvende gebeurtenissen. Het doel van dit onderzoek is om nieuwe therapeutische doelwitten bij deze kankers te identificeren.
Onderzoeksprojecten
Tumorevolutie en immuunselectie
We gebruiken computationele benaderingen om neoantigenen en immuunselectiesignalen te bestuderen in grote, openbaar beschikbare genomische en transcriptomische datasets, en deze signalen te evalueren als vermeende biomarkers voor immunotherapiereacties.
- onderzoekers: Jimmy Van den Eynden, Arne Claeys
- fondsen: Bijzonder onderzoeksfonds (BOF, Ghent University), Kom op Tegen Kanker
Mutante klonen in normale weefsels
Recent bewijs suggereert dat somatische mutaties leiden tot de vorming van microkloon in meerdere histologisch normale epitheelweefsels, wat nieuwe inzichten oplevert in de vroege menselijke carcinogenese.
We streven ernaar om het somatische mutatielandschap van normaal weefsel van het menselijk lichaam te karakteriseren met behulp van post-mortemweefsel, verkregen van klinisch goed geannoteerde donoren van het hele lichaam, met behulp van verschillende DNA- en RNA-sequencing-benaderingen.
- onderzoekers: Jimmy Van den Eynden, Tom Luijts, Sofie Hoogstoel
- fondsen: CRIG partnership grant, Fonds Wetenschappelijk Onderzoek – Vlaanderen (FWO), Kom op Tegen Kanker
Neuroblastoom en ALK-signalering
ALK (anaplastisch lymfoomkinase) is een eiwit dat subgroepen van neuroblastoom en andere vormen van kanker aanstuurt. Dit multidisciplinaire en internationale project streeft naar het identificeren van nieuwe therapeutische doelen bij kankers waarbij genomische veranderingen in ALK zijn beschreven als genomische drijvende gebeurtenissen.
- onderzoekers: Jimmy Van den Eynden, Jonatan Gabre, Joachim Siaw, Peter Merseburger
- fondsen: Barncancer Fonden, Fonds Wetenschappelijk Onderzoek – Vlaanderen (FWO), Stichting Tegen Kanker, CRIG young investigator proof of concept (YIPOC) grant
Samenwerkingsverbanden
- Neuroblastoom: Frank Speleman en Kaat Durinck
- ALK-signalering: Bengt Hallberg en Ruth Palmer (University of Gothenburg, Sweden)
- Mutante klonen in normale weefsels: Wouter Willaert, Anne Vral, Isabelle Hoorens en Tim Lammens
- Gegevensintegratie en biologische netwerken bij kanker: Kathleen Marchal
- UV-mutagenese: Erik Larsson (University of Gothenburg, Sweden)
- Peritoneale carcinomatose: Wim Ceelen en Wouter Willaert
Publications
Vragen?
- Jimmy Van den Eynden, onderzoeker
+32 9 332 48 55