Onderzoeksgroep Petra Van Damme
Onderzoeksfocus
De doelstelling van ons onderzoek is om de inzichten in bacteriële infectiebiologie te verbeteren. Deep sequencing heeft de studie van genexpressie op transcriptieniveau mogelijk gemaakt. Echter tot op heden bleek de sequentiediepte onvoldoende voor het bestuderen van de bacteriële pathogeen in een infectiecontext. Bovendien is de studie van bacteriële proteoomveranderingen bij infectie grotendeels onontgonnen vanwege de hogere proteoomcomplexiteit van de gastheercel. Deze uitdagingen benadrukken de nood aan nieuwe strategieën die de studie van bacteriële eiwitvertaling in een gastheercontext mogelijk maken.
Recente bevindingen van het onderzoeksteam onthulden de vertaling van tal van nieuwe (kleine) open leesramen en de expressie van alternatieve N-terminale proteovormen bij het bestuderen van bacteriële eiwitvertaling. De onderzoeksgroep bestudeert voornamelijk bacteriële proteovormen die een rol spelen bij het aangaan van een succesvolle interactie met zijn gastheercel. Hiervoor worden complementaire geavanceerde riboproteogenomische technologieën ontwikkeld die voor het eerst gerichte systematische genoom- en proteoom-brede onderzoeken van bacteriële transcriptionele en translationele activiteit tijdens gastheercelinfectie mogelijk maken. Door gebruik te maken van deze proteogenomics aanpak in combinatie met moleculaire (micro)biologie, genetica, celbiologische en celfysiologische benaderingen, streeft het team naar het verkrijgen van antwoorden op intrigerende fundamentele vragen omtrent gastheer/pathogeen interacties. De identificatie van nieuwe virulentiefactoren zal tevens bijdragen tot de ontwikkeling van nieuwe antimicrobiële behandelingen en een snellere en meer accurate detectie van infectieziekten mogelijk maken.