Onderzoeksgroep Peter Vandamme
Onderzoeksfocus
De onderzoeksgroep van Peter Vandamme bestudeert fundamentele en toegepaste aspecten van microbiële diversiteit in de mens, insecten, de omgeving en levensmiddelen. Het team beschreef meer dan 30 nieuwe bacteriële genera and meer dan 210 nieuwe bacteriële soorten, waaronder talrijke ongewone ziekteverwekkers van mens en dier. Voor zijn bijdragen tot prokaryote taxonomie kreeg P. Vandamme de WFCC Skerman Award for Microbial Taxonomy en de Bergey Award. Peter Vandamme is ook directeur van de BCCM/LMG Bacteriënverzameling, een ISO9001 gecertifieerd "Biological Resource center" waar biologisch materiaal en bijhorende informatie verzameld, gecontroleerd, bewaard en verdeeld wordt, in het kader van publieke, beveiligde of patent deponering van bacteriën. Tot zijn belangrijkste technische interesses behoren het grootschalig kweken, ontdubbelen (selectie van genetisch unieke stammen) en identificeren van microbiële isolaten, waarvoor dan ook de nodige hoog debiet infrastructuur voorhanden is.
In samenwerking met internationale collega's heeft de groep een onverwacht grote diversiteit aan luchtweginfecties aangetoond in mensen met mucoviscidose en levert ze identificatie en typeringsdiensten als partner in het Belgisch Nationaal Referentiecentrum voor Humane Microbiologie voor het Burkholderia cepacia complex en andere Gram-negative bacteriën. De groep heeft een Burkholderia stammenverzameling van meer dan 6000 isolaten en onderzoekt hun potentieel vermogen om secundaire metabolieten met antimicrobiële werking te produceren.
De groep van Peter Vandamme onderzoekt ook de darmmicrobiota van bestuivers (hommels en solitaire bijen) en plaaginsecten (fruitvliegen), om de samenstelling in kaart te brengen, darmbacteriën in cultuur te brengen en hun eigenschappen te onderzoeken en toe te passen. Met een gelijkaardige aanpak is ook uitgesproken onderzoeksinteresse voor de microbiota van gefermenteerde levensmiddelen. Recente onderzoeksprojecten betroffen onder meer cacao, zuurdesem, bieren van spontane gisting, water kefir en kombucha.
Belangrijke publicaties
P. Vandamme, B. Pot, M. Gillis, P. De Vos, K. Kersters, and J. Swings. 1996. Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics. Microb. Rev. 60:407-438.
T. Coenye and P. Vandamme. 2003. Diversity and significance of Burkholderia species occupying diverse ecological niches. Environ. Microbiol. 5:719-729.
J. Goris, K. T. Konstantinidis, J. A. Klappenbach, T. Coenye, P. Vandamme, and J. M. Tiedje. 2007. DNA-DNA hybridization values and their relationship to whole genome sequence similarities. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57:81-91.
M. Joossens, G. Huys, M. Cnockaert, V. De Preter, K. Verbeke, P. Rutgeerts, P. Vandamme and S. Vermeire. 2011. Dysbiosis of the fecal microbiota in Crohn's disease patients and their unaffected relatives. Gut 60:631-37.
F. Spitaels, A. D. Wieme, M. Janssens, M. Aerts, H.-M. Daniel, A. Van Landschoot, L. De Vuyst and P. Vandamme. 2014. The microbial diversity of traditional spontaneously fermented lambic beer. Plos ONE 9:e95384.
J. Praet, A. Parmentier, R. Schmid-Hempel, I. Meeus, G. Smagghe, and P. Vandamme. 2018. Large-scale cultivation of the bumblebee gut microbiota reveals an underestimated bacterial species diversity capable of pathogen inhibition. Environm. Microbiol. 20, 214-227 (IF2016 5.395 Q1 18/125).